Как таковых настроек в интерфейсе программы (в отличии от клиента) не наблюдается. Но есть один выход. Мы должны войти в папку, куда проинсталлировался пакет сервера, как правило он лежит для:

64 битных систем тут C:\Program Files (x86)\FileZilla Server

32 бит тут C:\Program Files\FileZilla Server.

Файл FileZilla Server.xml и есть то что нам надо. Делаем копию файла и переносим настройки куда нам нужно. Кстати просмотрев данный xml можно усмотреть логины и пассворды юзеров.

*** Ище идея, для того, чтобы не украли этот файл нужно поставить определённые права на него (защитить от кражи и просмотра)!